1290 bis 1349 errichteten die Nabburger das wohl imposanteste und bedeutendste Gebäude ihrer Stadt: Die gotische Stadtpfarrkirche St. Johannes der Täufer, wegen ihrer Verbindung zu St. Peter in Regensburg, auch "Dom zu Nabburg" genannt. Die Kirche hatte einst zwei Türme, der nördliche brannte 1536 ab. Im Inneren der dreischiffigen Pfeilerbasilika fällt baulich die absolut außergewöhnliche Doppelchoranlage auf, deren eine Seite heute die Orgelempore schmückt. Vom einstigen gotischen Inventar blieb kaum etwas erhalten und bei der Renovierung von 1961 wurden die neugotischen Teile entfernt - nur der gerettete Hauptaltar konnte 1980 wieder errichtet werden. Zu den wertvollsten Ausstattungsstücken gehören die Madonna auf der Mondsichel (um 1470) und das aus einem Stein gearbeitete Taufbecken (1492), rechts vor dem Reliquienaltar des gebürtigen Nabburger Heiligen "Burchard". Erwähnenswert sind noch die um 1900 gemalten eleganten Glasfenster und die schönen Epitaphe und Deckensteine. Das Gebäude ist Teil der Stadtführung.